[4] La especie T. rufescens fue descrita por primera vez por el ornitólogo alemán Jean Cabanis en 1873 bajo el mismo nombre científico.
El nombre genérico «Thamnistes» deriva del griego «thamnos»: arbusto, matorral, e «hizō»: sentarse; significando «que permanece en los arbustos»;[5] y el nombre de la especie «rufescens», deriva del latín: rojizo.
[6] La presente especie fue considerada conespecífica con Thamnistes anabatinus hasta que los estudios de vocalización de Isler & Whitney (2017)[4] demostraron diferencias significativas en el canto y en los llamados, justificando su separación, lo que fue aprobado en la Propuesta N° 758 al Comité de Clasificación de Sudamérica,[7] y listado por las clasificaciones del Congreso Ornitológico Internacional (IOC)[8] y Clements Checklist v.2018.
[4] Algunos autores, como Aves del Mundo y Birdlife International, consideran al grupo andino T. anabatinus aequatorialis (junto a las subespecies gularis y la presente rufescens) como especie separada: el batará café oriental Thamnistes aequatorialis P.L.
Sclater, 1862; con base en diferencias morfológicas y de vocalización.