Pero fue detenido cuando trataba de escapar hacia Inglaterra y fue encarcelado en La Conciergerie durante casi dos años mientras el padre François Garasse se consagraba a estudiar sus poemas con el fin de obtener alusiones sodomitas que justificasen su condena a muerte.

Mientras tanto, Théophile redactó Plainte de Théophile à son ami Tircis, reprochando a un amigo (quizá Jacques Vallée des Barreaux, quien por otra parte no parece haberlo abandonado), su escaso compromiso en el asunto.

Su sentencia fue commutada por aresto y exilio perpetuo, y Théophile, cuya salud se había deteriorado notablemente por su estancia en prisión, pasó los últimos meses de su vida en Chantilly bajo la protección del duque de Montmorency.

Este rechazo al nuevo orden le llevó a ser criticado por Boileau: “Tous les jours à la Cour un sot de qualité / Peut juger de travers avec impunité, / À Malherbe, à Racan, préférer Théophile” (“Todos los días en la Corte un necio de calidad / puede juzgar aviesa e impunemente / preferir Théophile a Malherbe o a Racan”) Su poema Un corbeau devant moi croasse, (“Un cuervo ante mí crascita”) que pinta una escena fantástica con truenos, serpientes y fuego muestra en efecto que permanecía ligado a la estética sensitiva y espectacular del barroco.

Dos de sus poemas son melancólicas peticiones dirigidas al Rey durante su detención y exilio.