Estaba dirigida por un gobernador, designado directamente por el presidente de la República.
El límite norte del territorio hasta 1878, fue el río Santa Cruz, y su límite oriental el océano Atlántico.
Inclusive se llegó a fundar un establecimiento de observación de la Armada en la ribera sur del Río Santa Cruz, y un poblado denominado Puerto Gallegos, cerca del actual emplazamiento de la ciudad de Río Gallegos.
En los años 1881 y 1902 se establecieron los límites definitivos del Territorio de Magallanes, con los territorios argentinos, mediante tratado de límites y laudo arbitral respectivamente.
A inicios del siglo XX, el territorio estaba dividido en 6 comarcas, todas ellas pertenecientes al municipio de Punta Arenas:[2] En 1928, mediante los secreto con fuerza de ley n.º 8582 y n.º 8583, se fijó una nueva división territorial del país, mediante la cual se estableció que el territorio de Magallanes estaría compuesto de 3 departamentos.