Secularizado en el siglo XVII y abandonado definitivamente en 1772 luego de una inundación que lo anegó dos metros.
La inspección General de Monumentos Artísticos e Históricos decidió rescatarlo en 1920, y se constituyó como museo en 1921.
Fue declarado monumento histórico en 1933 e intervenido para hacerlo accesible en 1945, al quitarle todo el lodo que lo cubría y creando la rampa que actualmente se observa.
Tiene la disposición del conjunto conventual tradicional de templo, atrio y claustro y la arquitectura recia de los conventos mendicantes del siglo XVI.
Su portada es un ejemplo del estilo plateresco clásico, con columnillas y decoración inspirada en el renacimiento italiano.