Para la década de 1580 ya poseían los terrenos donde fundaron su colegio y el templo primigenio que le serviría.
En 1666, el padre Pedro Valencia, rector del Colegio contrató a Diego Marín, maestro dorador y arquitecto para blanquear, dorar y decorar sus bóvedas con obras de yesería al estilo manierista.
El templo permaneció en manos de los padres jesuitas desde 1888 hasta 1978, cuando fue cedido al arzobispado.
Actualmente sirve a la Catedral angelopolitana como auxiliar para administrar el Sacramento de la Confirmación.
El crucero se cubre con cúpula sobre tambor siguiendo la tradición del modelo jesuítico de Vingola.
En la parte superior del altar, una hermosa pintura del padre Gonzalo Carrasco cuyo tema es "El Espíritu Santo Paráclito" muestra a las jerarquías eclesiásticas recibiendo su inspiración, representado por una paloma blanca resplandeciente.
Esta pintura fue restaurada en la década de los 80´s por el artista poblano Emilio Morales Gómez.