Originalmente fue un templo católico anexo al convento del mismo nombre, actualmente desaparecido.

[1]​ El convento fue fundado a iniciativa del virrey Baltasar de Zúñiga, siendo el primer convento para mujeres indígenas nobles, las cuales hasta ese momento solo podían aspirar a ingresar a los conventos como criadas de monjas españolas o criollas.

Solo se salvó un pequeño claustro, que fue demolido en el siglo XX.

[5]​ Con motivo de la inauguración en 1951 del Museo de Industrias y Artes Populares, el artista e investigador Miguel Covarrubias pintó en el edificio un mural titulado geografía del arte popular en México, en el cual se representan las distintas regiones geográficas de México y la ilustración de sus variaciones artesanales,[6]​ el cual fue restaurado en 2005.

El virrey se convirtió en benefactor del convento y al terminar su encargo, fue llamado de regreso a España, adonde partió acongojado.