[2] No todas las especies criptogénicas poseen dicha categoría en la totalidad del área donde viven.
En ciertas partes de su distribución podría ser demostrable fehacientemente para la misma un origen exótico o introducido, mediante el apoyo de evidencia paleontológica, arqueológica, histórica, genética, etc. Es decir, allí la especie no se encontraba originalmente, pero logró invadir esa región por acción humana directa o indirecta.
Los frágiles ecosistemas insulares intrínsicamente sufren de una mayor vulnerabilidad frente a las invasiones biológicas.
[13] A ambos lados del esquema donde se incluyen los taxones con datos insuficientes se sitúan los taxones criptogénicos típicos, en un lado los que han quedado más próximos al tratamiento como nativos y en el opuesto los ubicados más estrechamente en la consideración de adventicios.
Se recomienda que las evaluaciones sean grupales o por procesos de consulta, para minimizar las variaciones que se darían mediante evaluaciones individuales (cada experto podría asignar diferentes relevancias e incertidumbres a los mismos datos, o conocer diferentes fuentes de datos).
[22] No siempre hay evidencia clara que permita asegurar que la presencia de un taxón en un área obedece como factor causal a la intervención humana directa (por ejemplo, introducciones bien documentadas, liberaciones o escapes de intercepciones).
[25] Estos cambios indirectos mediados por humanos son graduales y causan en una región alteraciones sutiles o generalizadas en la potencialidad de poder ser ocupada.
Cuando los cambios son más bien sutiles, los taxones que los aprovechan extendiendo sus geonemias no son realmente criptogénicos (no hay dudas sobre su origen) pero están a medio camino entre los verdaderamente nativos y los indiscutiblemente exóticos, por lo que se ha acuñado un término para individualizarlos: neonativos.
Por lo tanto, las atribuciones antrópicas suelen ser las mejores hipótesis conjeturales sobre la base de evidencias a menudo circunstanciales, pero la incertidumbre en tales circunstancias seguirá siendo grande.
En algunas situaciones, árboles que han sido plantados antiguamente y luego abandonados pueden sobrevivir sin ayuda humana durante siglos, rodeados de una matriz natural.
[35] El tiempo de residencia puede definirse como el periodo desde que se introdujo un taxón a un ambiente confinado de una nueva región, hasta el momento en que fue liberado o escapó del cautiverio o cultivo; puede haber un retraso prolongado entre ambos procesos.
Para algunos ecólogos, en cambio, no deberían ser decididamente gestionadas como exóticas típicas aquellos taxones introducidos por los humanos hace muchos milenios, más aún si constituyen parte inalterable del paisaje, desarrollando interrelaciones con los demás componentes de la biocenosis, a la que alterarían de propiciarse su eliminación.
[41][42][43][44] Una estimación conservadora determinó que en sus aguas habitan 100 especies criptogénicas, sumando las plantas acuáticas, animales y protistas.