Participó en el cónclave de 2005, que eligió al cardenal Ratzinger nuevo papa con el nombre de Benedicto XVI.

[1]​ En abril del 2010 declaró que existía relación entre homosexualidad y pedofilia afirmando: “Estudios científicos demuestran que no hay relación entre celibato y pedofilia, sino entre homosexualidad y pedofilia”.

[7]​ Como secretario de Estado, el cardenal Bertone se caracterizó por la especial sintonía con el Papa, dado que anteriormente habían colaborado durante muchos años.

En su periodo como secretario de Estado afrontó la situación creada por las consagraciones episcopales ilegítimas del arzobispo Milingo.

[8]​ El viaje a Turquía del Papa en noviembre de 2006 puso a prueba las dotes diplomáticas del cardenal Bertone, tanto hacia las autoridades turcas como -desde el punto de vista ecuménico- hacia el Patriarca de Constantinopla.

En 2008 realizó una visita de varios días a Cuba con ocasión del X aniversario del viaje de Juan Pablo II.

Su cercanía con el papa ha sido tan clara que en las vacaciones de verano del pontífice en 2009, este decidió ir a la región del Valle de Aosta y, a pesar de un accidente en su mano derecha, visitar la población natal del cardenal italiano que allí presidió una eucaristía esperando la llegada de Benedicto XVI.