Se tardaron 25 años en construirlo, y aunque es el segundo túnel ferroviario más largo del mundo, el viaje aéreo es más rápido y barato, lo que ha hecho que el túnel Seikan sea relativamente poco utilizado.

En 1954 cinco transbordadores, entre ellos el Toya Maru, se hundieron en el mar durante un tifón, muriendo &&&&&&&&&&&01430.&&&&&01430 pasajeros.

[2]​ Al año siguiente, la Empresa Nacional de Ferrocarriles del Japón (JNR) inició la exploración para su construcción.

La ardua y peligrosa construcción en difíciles condiciones causó la muerte de 34 trabajadores.

Se espera que el Hokkaidō Shinkansen, que actualmente llega hasta Shin-Hakodate, disminuya el tiempo de viaje en tren del tramo Tokio-Sapporo hasta menos de 4 horas cuando sea inaugurado a comienzos del 2031,[9]​ haciendo competitiva la ruta terrestre con la aérea.

El cuello occidental, con un máximo de 140 m, tiene rocas sedimentarias del periodo Neógeno.

Se puede dividir aproximadamente en tres partes: el lado Honshū consistente en rocas volcánicas (andesita, basalto, etc.); el lado Hokkaido con rocas sedimentarias (periodo Terciario) y la porción central consistente en estrato Kuromatsunai (Periodo Terciario similar a arena).

[13]​ Las investigaciones geológicas iniciales se realizaron entre 1946 y 1963, e involucraron la perforación del lecho marino, pruebas sónicas, observaciones submarinas (con mini-submarinos), pruebas sísmicas y magnéticas.

[16]​ La cantidad de filtraciones han venido disminuyendo con el tiempo, aunque «se incrementa el riesgo durante un terremoto».

Los planes son aumentar la velocidad y brindar comunicación móvil en toda la pista.

[17]​ Inicialmente, sólo la vía estrecha (1067 mm) atravesaba los túneles, pero el Hokkaido Shinkansen (que empezó a construirse en 2005 y cuyo primer tren cruzó el túnel el 26 de marzo de 2016) incluyó el tendido de vías de tres carriles (estrecha y estándar 1435 mm) y conectó el túnel con la red Shinkansen, por lo que los trenes Shinkansen pueden atravesar el túnel hasta Hakodate y, en el futuro, podrán hacerlo hasta Sapporo.

En caso de fuego u otros desastres, las estaciones proveen seguridad equivalente a otro túnel más corto.