El aumento de la población árabe en la isla facilitó un mayor crecimiento y comenzaron a surgir más edificios en la ciudad.

En las últimas décadas del siglo, los Sultanes de Zanzíbar perdieron gradualmente sus posesiones en el continente África Oriental ante el Imperio Alemán y el Reino Unido.

[5]​ Durante el período del protectorado británico, el sultán aún conservaba algo de poder y Stone Town siguió siendo un centro comercial relativamente importante para el comercio informal.

Los británicos no financiaron desarrollos importantes en la ciudad y permitieron que el sultán manejara los asuntos de las islas desde Stone Town.

[6]​ Los británicos dieron privilegios a las ciudades de Mombasa y Dar es Salaam como sus estaciones comerciales en el África Oriental.