Su alto nivel le permitió ser reclutado por los Northampton Saints y allí el entonces dirigente Ian McGeechan lo convirtió de octavo a hooker.

[5]​ Debutó como profesional en la temporada 1996–97, siendo suplente del argentino Federico Méndez y jugó en la final de la Copa Heineken 1999–00, triunfando contra Munster Rugby.

[12]​ Anotó su primer try en el Seis Naciones 2003, frente a la Azzurri e Inglaterra ganó el torneo con un Grand Slam.

[13]​ En junio Thompson demostró un inmenso nivel ante los All Blacks y los Wallabies, ambas fueron victorias inglesas.

[16]​ En el Seis Naciones 2011 anotó el único try inglés contra el XV de Irlanda, derrota que les negó la Triple Corona, e Inglaterra ganó el torneo.

Jugó la despedida contra los Pumas y en dos de las tres pruebas ante los All Blacks (titular en la segunda).