Actualmente sólo cuenta con la especie tipo y Stegoceras novomexicanum, nombrado en 2011 a partir de fósiles encontrados en Nuevo México.

En 1924 se describió un cráneo completo de Stegoceras con partes asociadas del esqueleto, lo que arrojó más luz sobre estos animales.

[7]​ S. novomexicanum parece haber sido más pequeño que S. validum, pero se discute si los especímenes conocidos, cráneos incompletos, son adultos o juveniles.

[1]​[8]​ El cráneo de Stegoceras tenía una forma aproximadamente triangular visto desde un lado, con un hocico relativamente corto.

Estaba adornado con tubérculos espaciados irregularmente y una fila de nódulos o protuberancias se extendía a lo largo de sus bordes superiores, terminando en un tubérculo puntiagudo o pequeño cuerno a cada lado en la parte posterior del cráneo.

Excepto por la superficie superior de la cúpula, gran parte del cráneo estaba adornado con nódulos, muchos dispuestos en filas.

La característica es exclusiva de los paquicefalosáuridos entre los animales tetrápodos y puede haber funcionado para hacer más rígida la cola.

Visto desde arriba, la cintura pélvica era muy ancha para un arcosaurio bípedo y se ensanchaba hacia la parte trasera.

El nombre específico S. validus significa "fuerte" en latín, posiblemente en referencia al grueso techo del cráneo.

[7]​ Debido a que la especie se basó en múltiples especímenes, una serie de sintipos, CMN 515 fue designado como el espécimen lectotipo por John Bell Hatcher en 1907.

Además, encontró que S. brevis era idéntico a S. validus y, por lo tanto, un sinónimo menor de este último.

[26]​ En 1974, las paleontólogas polacas Teresa Maryańska y Halszka Osmólska concluyeron que los "gastralia" de Stegoceras eran tendones osificados, tras identificar tales estructuras en la cola del paquicefalosaurio Homalocephale.

Afirmó que el género Stegoceras se había convertido en un taxón papelera para paquicefalosáuridos norteamericanos de tamaño pequeño a mediano hasta ese punto.

En ese momento, docenas de especímenes se habían referido a S. validum, incluidas muchas cúpulas demasiado incompletas para identificarlas con certeza como Stegoceras.

Admitieron que los paratipos y otros especímenes asignados diferían del holotipo en tener cráneos más abovedados, en lugar de referirse a ellos como cf.

En 1974, Maryańska y Osmólska concluyeron que los paquicefalosáuridos son lo suficientemente distintos como para justificar su propio suborden dentro de Ornithischia, Pachycephalosauria.

[37]​ Admitió que la evidencia de esta agrupación no era abrumadora, pero Sues y Galton apoyaron la validez del grupo en 1987.

[40]​ Wannanosaurus yanshiensis Hanssuesia sternbergi Colepiocephale lambei Stegoceras validum Stegoceras novomexicanum Goyocephale lattimorei Homalocephale calathocercos Tylocephale gilmorei Foraminacephale brevis Amtocephale gobienses Prenocephale prenes Acrotholus audeti Pachycephalosaurus wyomingensis Alaskacephale gonglofi Dracorex hogwartsia Stygimoloch spinifer Sphaerotholus goodwini Sphaerotholus buchholtzae La biogeografía y la historia evolutiva temprana de los paquicefalosaurianos son poco conocidas y solo pueden aclararse mediante nuevos descubrimientos.

También es menos probable que se conserven los huesos más delicados, razón por la cual los paquicefalosaurianos son conocidos principalmente por sus cráneos robustos.

[10]​[39]​ No es del todo seguro qué comían los paquicefalosáuridos, al tener dientes muy pequeños y acanalados, no podrían haber masticado plantas fibrosas y duras con tanta eficacia como otros dinosaurios del mismo período.

Se supone que sus dientes afilados y aserrados eran ideales para una dieta mixta de hojas, semillas, frutas e insectos.

[43]​ Históricamente se han propuesto varias explicaciones para la variación observada en los cráneos de Stegoceras y otros paquicefalosáuridos.

El borrego cimarrón moderno y el bisonte superan este problema al tener ligamentos fuertes desde el cuello hasta las espinas neurales altas sobre los hombros, que absorben la fuerza del impacto, pero tales características no se conocen en los paquicefalosáuridos.

El borde óseo por encima de la órbita pudo haber protegido el ojo del agresor al dar un golpe.

Descubrieron que las correlaciones entre los golpes en la cabeza y las morfologías del cráneo encontradas en los animales vivos también existían en los paquicefalosáuridos estudiados.

Stegoceras y Prenocephale tenían formas de cráneo similares a las del borrego cimarrón con hueso esponjoso que protege el cerebro.

[45]​ En 2012, Caleb M. Brown y Anthony P. Russell sugirieron que las colas rígidas probablemente no se usaron como defensa contra los golpes en los flancos, pero pueden haber permitido a los animales adoptar una postura de trípode durante el combate intraespecífico, con el cola como apoyo.

Los golpes en los flancos probablemente resultarían en menos lesiones, que en su lugar se concentrarían en los lados de la cúpula.

Mostrar un arma y estar dispuesto a usarla puede ser suficiente para resolver disputas en algunos animales.

[54]​ La Formación Dinosaur Park se interpreta como un entorno de bajo relieve de ríos y llanuras aluviales que se volvieron más pantanosos e influenciados por las condiciones marinas con el tiempo a medida que la vía marítima interior occidental transgredía hacia el oeste.