El almirante James Kirk, desobedeciendo la orden de que ninguna nave se acerque al planeta Génesis, creado por la explosión del dispositivo Génesis y ahora calificado como una «controversia intergaláctica», roba el Enterprise tras su retirada del servicio debido a los graves daños causados por la última batalla que libró.
Secundado y acompañado por sus oficiales, se dirige al mencionado planeta, donde, tras un enfrentamiento con los klingon que deja la nave completamente inutilizada y ante la muerte de su hijo David Marcus a manos de éstos, no tiene otro remedio que destruir el Enterprise en un intento desesperado de obtener ventaja ante sus adversarios.
Tras una batalla entre Kirk y el comandante Kruge donde el primero sale victorioso, escapa del planeta en destrucción y se traslada a Vulcano en la nave klingon, llevando a Spock.
Ahora reunidos, todos permanecerían en Vulcano para prepararse para responder por sus actos de vuelta en la Tierra.
La novela fue lanzada para coincidir con el lanzamiento de la película, y relata los eventos sucedidos entre Star Trek II y el comienzo de Star Trek III, incluyendo una relación entre Saavik y David Marcus que se suponía ocurriría en Star Trek II.