Fue fundado el 1 de octubre del 2002 y participa en la Copa Perú.
Mientras el equipo profesional peleaba en la Primera División por hacerse de un nombre propio en la escena nacional, el Vallejito, como se le conoce de cariño, hizo una gran campaña en el año 2004, llegando hasta la final de la Etapa Regional, perdiendo contra el José Gálvez en un partido extra en Lima.
Al año siguiente, la crisis deportiva que envolvía al equipo profesional y que al final culminó con su descenso de categoría también alcanzó al equipo amateur, quedando eliminado en la Etapa Departamental de la Copa Perú.
El 2006 sonrió nuevamente al equipo universitario.
En 2022 no fue parte del torneo distrital y perdió la categoría.