La Copa Perú 2006 fue la edición número 34 en la historia de la competición y se disputó entre los meses de febrero y diciembre con la participación de equipos de cada "Liga Distrital" del Perú..

El torneo finalizó el 16 de diciembre tras disputarse el partido de vuelta de la final que consagró como campeón al Total Clean FC de Arequipa.

Con el título obtenido este club lograría el ascenso al Campeonato Descentralizado 2007 mientras que el otro finalista, Hijos de Acosvinchos accedería a la Segunda División Peruana 2007.

A esta fase clasificaron dos equipos de cada departamento del Perú desde la llamada "Etapa Departamental".

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