En la trama, Sonic se une fuerzas con Tails para evitar que el Doctor Eggman y Knuckles encuentren la poderosa Esmeralda Maestra que tiene el poder de crear y destruir civilizaciones.
Sin embargo antes de llegar al portal, un equidna antropomórfico de color rojo sale del mismo y le pregunta a Ivo donde consiguió la espina de color azul que sostiene en su mano y sin rodeos Ivo le menciona que este puede ayudarlo a llegar a la fuente si lo desea, pero con la condición de que este equidna rojo lo ayude a salir del Mundo Hongo.
Mientras tanto, Ivo y Knuckles se reúnen con el agente Roca, quien ha pasado su tiempo esperando su regreso en un café-guarida y planeando robar la esmeralda para sí mismo a costa suya, el científico acepta a ayudar al equidna en su plan de venganza.
También descubren una vieja brújula que guiaba a su ubicación, pero son interrumpidos por la llegada de Eggman y Knuckles.
En ese momento, Sonic le comenta que ambos lo perdieron todo ese día y deja algo confuso a su oponente, cosa que Tails aprovecha para intentar atrapar al guerrero equidna sin éxito y Sonic le arroja la brújula para escapar, Sin embargo, Eggman la intercepta en pleno vuelo y a su vez deja inconsciente a Tails con sus misiles, y para empeorar las cosas, esto provoca una avalancha poniendo en peligro al dúo mientras que los villanos se escapan.
Se inicia otra batalla entre el erizo velocista azul y el equidna rojo, y antes de que pueda acabarlo, Sonic le hace ver a Knuckles que Eggman sólo lo estaba utilizando.
Luego de conversar sobre las palabras que le dijo Tom a Sonic, los rivales acuerdan hacer equipo para detener los planes de Eggman y son rescatados por Tails, quien llega volando en un avión que se usó para la ceremonia.
Con este nuevo poder, el super erizo velocista logra destruir con éxito el Death Egg Robot, para disgusto de Eggman, quien declara a Sonic que no seran amigos mientras cae a su aparente muerte.
Tiempo después la familia Wachowski se incrementa con la inclusión de Knuckles y Tails, mientras que estos juegan un partido de béisbol y Sonic conmueve a Tom al aceptarlo como su padre.
[23] Más tarde ese mes, el coguionista de Sonic, la película, Pat Casey, reveló que se había hablado de una secuela, aunque Paramount no había dado luz verde a la película en ese momento.
[24] También dijo que Carrey estaba interesado en usar un traje grueso en una secuela para parecerse más a la apariencia del videojuego de Robotnik.
[24] En mayo, Paramount Pictures confirmó que se estaba desarrollando una secuela de Sonic, la película, con Fowler listo para regresar como director junto con los escritores Casey y Josh Miller.
[25] Neal H. Mortiz, Toby Ascher y Toru Nakahara producirán la secuela, habiendo coproducido previamente la primera película junto a Takeshi Ito, mientras que Tim Miller, Hajime Satomi y Haruki Satomi regresarán de la primera película como productores ejecutivos.
[27] En marzo de 2021, se informó que Moving Picture Company proporcionará efectos visuales para Sonic 2.
[16][10] Ese mismo mes, se confirmó que Adam Pally volvería a interpretar su papel de Wade Whipple.
[16] En abril de 2021, se confirmó que James Marsden regresaría como Tom Wachowski.
[11] Ese mismo mes, se confirmó que Natasha Rothwell volvería a interpretar su papel de Rachel.
[34] En enero de 2021, Tika Sumpter reveló que la película se rodaría tanto en Vancouver como en Hawái.
[43][44] En febrero de 2022, Sega of America y Paramount Pictures confirmaron que se haría Sonic 3, la película.