En cada nivel, el jugador cambia entre los tres personajes del equipo, cada uno con habilidades únicas, para superar los obstáculos.

Heroes fue el primer juego multiplataforma de Sonic, producido para Nintendo GameCube, Xbox, PlayStation 2 y Windows.

El equipo recuperó elementos que no se veían desde los juegos de Sonic para Genesis, como las fases especiales y los personajes Chaotix.

Los críticos elogiaron la jugabilidad rápida y las similitudes con las entregas originales en 2D, una opción que algunos consideraron una mejora respecto a los juegos Sonic Adventure.

[4]​ En esta ocasión el plan del Dr. Eggman es revivir a su más poderosa creación, Metal Sonic.

Mighty el armadillo, el otro miembro del equipo Chaotix que se caracterizaba por su gran velocidad y saltos, no aparece en esta entrega.

Eso deja la esperanza de no tener que luchar contra Eggman como enemigo final.

Luego de acabar el juego con los 4 equipos, aparece una nueva etapa a la derecha del Team Chaotix llamada "Última".

Al obtener las 7 Esmeraldas, se desbloquea la etapa final en una escena más larga que las demás, en la que se muestra al verdadero causante de todo el problema: Metal Sonic.

Estos tienen que esquivar bien todos los ataques y repetir el mismo patrón de lucha.

Dependiendo cual de los cuatro equipos se elija, los enemigos y las misiones en cada nivel varían.

El diseño de sonido también fue elogiada, se describe como "inexorablemente vinculados" a la experiencia y "por lo menos muy original" con "perfectamente implementado" efectos de sonido, corriendo en Dolby Pro Logic II.