Todo empieza cuando Sonic y Tails empiezan a viajar por el Océano y de repente se encuentran con un tornado, después de mucho tiempo naufragan cerca de una isla, pero Marine the Raccoon los encuentra y los despierta.
Después de unos minutos, Marine le pide a Sonic que encuentre material para hacer nuevos barcos.
En eso más tarde se encuentran con Captain Whisker, el jefe semifinal del juego y se encuentran con Blaze the Cat, en eso Sonic se da cuenta de que naufragó en el mundo de Blaze.
En eso Sonic tiene que construir una torre de señales para buscar nuevos materiales.
Tras vencer a la Ghost Whale del Capitán Whisker, Blaze se hace cargo de la situación y descongela a los Vikingos quienes les informan que los piratas se han instalado en unas ruinas antiguas así que el equipo de Sonic decide ir al este para aprender nuevas cosas para su aventura.