Sonic dispondrá de nuevas habilidades tales como derrapar y un deslizamiento lateral.

Las fases diurnas mostrarán a Sonic corriendo en una perspectiva horizontal con gráficos 3D, o detrás de él, mientras corre a altas velocidades; aquí prima la velocidad, la coordinación y los buenos reflejos.

Después de eso, Eggman atrapa a Sonic, pero con el poder de las Esmeraldas del Caos se transforma en Súper Sonic y destruye su robot, pero Eggman ya tenía eso planeado y escapando lo logra llevar a una sala de operaciones en la que el archi-enemigo del erizo por fin conseguirá capturarlo en una misteriosa máquina y usará la energía de las Chaos Emeralds (Esmeraldas Caos) junto a Sonic para despertar a una criatura que habita en el interior del planeta llamada Dark Gaia.

Paralelamente, la energía hace que Sonic se transforme en algo parecido a un erizo-lobo, un Werehog, pero Eggman entra a su cápsula de vuelo y abre la ventana, haciendo que Sonic caiga al planeta con las Chaos Emeralds, ahora sin poder.

A bordo del Tornado-1, vuelan hacia Mazuri donde rescatan al profesor Pickle, amigo de Tails.

Sin embargo al regresar a Spagonia, Sonic en su forma lobo se topa con Amy, la cual le da el mismo recibimiento que a Silver en el juego de 2006 (con confusión, abrazo y rechazo).