Una vez más, Raven contrató a John Mullins para que actuara como consultor en el videojuego.
El tema de Doublie Helix es la guerra de gérmenes, ya que el mercenario Mullins y su nueva pareja Madeline Taylor viajan a Colombia para investigar un brote viral en una pequeña ciudad, solo para vincularlo a una organización en la sombra llamada Prometeo.
Al virus, llamado Romulo, le sigue un virus informático llamado Remo que está programado para eliminar archivos en cualquier computadora del mundo, en este caso, archivos relacionados con Prometeo y Romulo, por lo que no se puede formular un antivirus.
[2] Alternativamente, los jugadores pueden seleccionar el generador de misiones aleatorias para crear niveles con parámetros únicos.
Los paquetes de salud y la armadura se pueden encontrar en diferentes partes del videojuego o en enemigos derribados, lo que permite al jugador sufrir más daño.
[1] A medida que los jugadores avanzan en la historia, obtienen acceso a varias armas y equipos nuevos, algunos soltados por enemigos derribados; Estos incluyen varios rifles diferentes, ametralladoras, escopetas, rifles de francotirador, pistolas y explosivos.
[5] Dichas modificaciones alteran la velocidad de disparo o agregan accesorios como silenciadores, bayonetas y lanzagranadas.
La única forma práctica de superar esto era volver a cargar el nivel o comenzar desde cero.