En 1996, durante la Asamblea Anual del COMECSO se planteó como estrategia la desaparición de los grupos de trabajo en que se dividía temáticamente la actividad del Consejo.
El 1997 el entonces coordinador del Grupo Especializado en Estudios Electorales, René Valdiviezo Sandoval, convocó a una reunión en Oaxtepec, Morelos, en los que un grupo de investigadores conformados por Juan Reyes del Campillo, Lilia Venegas Aguilera, Javier Santiago Castillo y Luis Miguel Rionda elaboraron la propuesta de estatutos de la nueva asociación y sus documentos básicos.
Mientras el Grupo Especializado en Estudios Electorales formó parte del COMECSO, no había cuerpos directivos formales.
Desde 1997, con la creación de la SOMEE comenzaron los cuerpos directivos formales que se enlistan a continuación: 1997-1999 1999-2001 2001-2003 2003-2005 2005-2007
2007-2010 2010-2012 2012-2015 2015-2018 2019-2020 2020-2021 2022-2024 Desde el año 2003 la SOMEE edita la Revista Mexicana de Estudios Electorales, espacio académico en el que especialistas de diversas ramas del conocimiento ofrecen alternativas para entender y explicar el fenómeno electoral.