Fue nuevamente el candidato del PSC en los comicios presidenciales de 1988, quedando en tercer lugar.

Durán-Ballén consideró al acto como una imperdonable traición, creando una nueva tienda política, el Partido Unidad Republicana (PUR), para participar en dichos comicios, en los que venció a Nebot en la primera vuelta y posteriormente, en el balotaje.

Entre 2001 y 2003 fue nombrado embajador en Reino Unido por el gobierno de Gustavo Noboa.

Su última participación política, fue como candidato al Parlamento Andino en 2006, por la Unión Demócrata Cristiana, sin ser elegido.

Cuando se instauró la dictadura de Guillermo Rodríguez Lara, por su buena gestión, lo ratificó en el cargo hasta 1978.

[10]​ En 1951, junto a Camilo Ponce Enríquez, cofundó el Partido Social Cristiano.

En esta campaña se presentó su cuña musical "Sixto Presidente" escrita e interpretada por Patricia Bejarano Trujillo en dos versiones: una era la versión en parodia de la canción "Guayaquil de mis amores" compuesta por Lauro Dávila y Nicasio Safadi del género pasillo en el Lado A[11]​ y otra era la versión en parodia de la canción "El chulla quiteño" compuesta por Luis Alberto Valencia y Alfredo Carpio del género pasacalle en el Lado B[12]​ en un disco LP de 45 revoluciones por minuto denominado "Sixto Presidente (1.979 - 1.983)" el cual lanzó al mercado en 1978.

El gobierno de Febres Cordero había causado un deterioro en la popularidad del partido en la Sierra, por lo que se presentó como candidato a Durán Ballén.

Pasó a segunda vuelta contra Jaime Nebot, candidato de su anterior tienda política, el Partido Social Cristiano.

Debió alcanzar acuerdos con otros partidos para la aprobación de las leyes necesarias en su gobierno.

Durante su Gobierno impulsó políticas de austeridad que buscaban privatizar sectores estratégicos como telecomunicaciones, hidrocarburos y eléctrico.

[20]​ Renegoció la deuda externa en el marco del Plan Brady, que fracasó a los cinco años.

A la vez, hubo un alza significativa de créditos del Banco Mundial quien le brindó un masivo apoyo.

[20]​ Se reformaron varias leyes, entre ellas la Ley de Hidrocarburos, que afectó al financiamiento del sector público y que permitió que la participación del Estado en los ingresos petroleros bajara del 90% al 33% en el mejor de los casos, pues había contratos donde se entregaba el 100% de los beneficios a las compañías privadas.

[20]​ Otra medida que generó controversias por incidir en el abuso y sometimiento al endeudamiento público, fue la eliminación del Comité de Crédito Externo en 1995.

Para contrarrestar la creciente noción de corrupción en el Gobierno, Durán-Ballén convocó a una segunda consulta popular para permitir reformas para la modernización del estado, la cual fue rechazada en su mayoría.

Con este apoyo, Perú y Ecuador acordaron reunirse en Brasilia para resolver los impases mutuos.

Considerado el tercer gobierno en encubrir los aparatos represores de la Policía Nacional del Ecuador, y que impidió las manifestación que todos los miércoles realizaban Pedro Restrepo, Luz Elena Arismendi y los demás familiares de los desaparecidos en la Plaza Grande.

Los policías en servicio activo cabo segundo Víctor Camilo Badillo, subteniente Doris Morán, teniente Juan Sosa y teniente coronel Trajano Barrionuevo, fueron sentenciados a 16 años de prisión, en el caso del primero de ellos, y a 8 años los restantes.

En el 2005 presentó un libro autobiográfico sobre su mandato, titulado «A mi manera... los años de Carondelet» y editado por la Universidad Andina Simón Bolívar.

En 2006 se presentó como candidato al Parlamento Andino por la Unión Demócrata Cristiana,[24]​ pero no resultó elegido.