Similitud química (o similitud molecular) hace referencia a la semejanza de elementos, moléculas o compuestos químicos con respecto a cualquiera de sus características estructurales o funcionales, es decir, se refiere a la semejanza de dos o más sustancias en relación con el efecto que tengan sobre elementos reactivos, ya sea en un contexto orgánico, inorgánico, biológico o de otro tipo.
La similitud química es uno de los conceptos más importantes en la quimioinformática.
Estos estudios se basan en el principio de similitud de Johnson y Maggiora, que sostiene que los compuestos similares tienen propiedades similares.
[1] La similitud química a veces es descrita como el inverso de una medición de distancia en un espacio descriptivo.
La medición de distancias puede ser clasificada en distancia euclidiana y no euclidiana dependiendo si se cumple la desigualdad triangular.