Diferentes áreas pueden ser desbloqueadas y los enemigos que se encuentran en Silent Hill también pueden cambiar su apariencia.
Esta vez Harry sólo está equipado con un teléfono móvil, con el cual puede ver todo el mapa con una interfaz GPS, recibir SMS y mensajes de voz, tomar fotografías, recibir y hacer llamadas.
Según el productor Tomm Hulett, la forma en la que se cuenta la historia dependerá de cómo interactúa el jugador con el juego.
[1] El juego comienza en la consulta de un psiquiatra, Dr. K., o sea Kaufmann, donde el jugador puede interactuar desde una perspectiva en primera persona.
Después se deberá llenar un cuestionario el cual, en función de las respuestas, afecta el desarrollo y final del juego.
Harry Mason despierta después de un accidente y durante el juego irá recordando ciertos eventos clave en su vida.
Está esperando a su novio John para que la recoja de Silent Hill.
Desde este punto, y en cada momento del juego, las reacciones y respuestas son monitorizadas por el sistema de perfil psicológico para adaptar el contenido del juego acorde con estas pautas de comportamiento.