Shimon nació en Colonia en el seno de una rica familia judía: su padre, Max Bodenheimer, era un destacado abogado.

Fue formado en griego, latín, literatura, artes, matemáticas, historia natural y caligrafía.

En 1914 se unió a la Universidad de Munich para estudiar medicina, pero fue interrumpido por la Primera Guerra Mundial, donde sirvió en el frente oriental.

[1]​ Después de experimentar el antisemitismo en Rusia y Alemania, Bodenheimer decidió mudarse a Eretz Israel en 1922.

[2]​[3]​[4]​ Ese mismo año, murió en Londres por complicaciones luego de una cirugía ocular.