Posteriormente llegó a ser dirigente de dicho partido en el ámbito regional.

Se presentó como candidato a diputado en las elecciones de 2001 por el Distrito 45 (Circunscripción 12 Biobío Costa) para las comunas de Coronel, Tomé, Penco, Hualqui, Santa Juana y Florida.

Si bien obtuvo la segunda mayoría con 28,92 % de los votos, resultó derrotado ante Edmundo Salas (PDC) y Alejandro Navarro (PS) por el denominado Sistema Binominal.

Posteriormente en 2005 volvió a ser candidato por el mismo Distrito 45, consiguiendo nuevamente el segunda lugar con el 23,68 % de los votos, pero esta vez si resultando electo diputado, en conjunto con Clemira Pacheco (PS).

Junto con las comisiones investigadoras sobre Central Pangue; y sobre Asesorías Efectuadas en Reparticiones Gubernamentales.

En las elecciones parlamentarias de noviembre de 2013, buscó la reelección por el mismo distrito, y aunque obtuvo la segunda mayoría con 26 675 votos, fue desplazado por el DC Marcelo Chávez debido al sistema binominal.

Bobadilla indicó que no le importaba ser asociado a Augusto Pinochet.

[8]​[9]​ También hizo noticia por confundir la ciudad de Filadelfia con Finlandia, al tuitear en su cuenta "Ya no sé si quiero que Chile sea como Finlandia", refiriéndose a un homicidio ocurrido en la ciudad norteamericana.

[20]​ En 2022, Bobadilla nuevamente tuvo problemas con su cuenta de Twitter, viralizando un tuit que provenía de su cuenta, en donde publicaba durante la madrugada el tuit «mujeres hot calientes».