La localidad se sitúa al sur del departamento de Artigas, entre la cañada de los Talas y el arroyo de Sequeira, al norte del río Arapey Chico, en la zona llamada Paso del Sauce.

Su eje principal es la Ruta 4, que la une al norte con la ciudad de Artigas (80 km), y al sur con la ruta 31, la cual a su vez la conecta con la ciudad de Salto (130 km).

[3]​[4]​ El nombre proviene del comandante guaraní-misionero Ramón Sequeira, sublevado en 1832 contra el gobierno de Fructuoso Rivera, quien pretendía reducir a los nativos rebeldes y restablecer el control estatal sobre la colonia indígena de Cuareim, actual Bella Unión.

Existen otras historias de cómo llegó a tener ese nombre pues un arroyo lleva el mismo y también una vieja estancia llevaba ese nombre.

Sequeira se caracteriza por un importante número de personas longevas.