En el incidente murió Patrick Argüello, un secuestrador y un sobrecargo resultó herido.

El monarca declaró la ley marcial y durante los siguientes once días, movilizó sus fuerzas hacia las zonas de Jordania controladas por palestinos, en lo que se conocería luego como el septiembre negro jordano, y casi desencadenando una guerra regional que hubiera involucrado a Siria, Irak e Israel y con consecuencias globales en potencia.

El plan original contemplaba que el avión fuera abordado por cuatro secuestradores, sin embargo a dos de ellos se les impidió abordar en Ámsterdam por personal de seguridad israelí.

Haciéndose pasar por pareja de casados, Argüello y Khaled abordaron utilizando pasaportes hondureños —luego de que su equipaje hubiera sido revisado— y se sentaron en la segunda fila en clase turista.

Según Khaled, en una entrevista concedida en 2000: Luego de serle notificado por intercomunicador que estaba teniendo lugar un secuestro, el capitán Uri Bar Lev optó por no ceder a las demandas de los guerrilleros: Bar Lev descendió en picada, haciendo perder el equilibrio a los dos secuestradores.

Ella afirmaría luego que a Argüello recibió cuatro disparos en la espalda.

En una entrevista para la película Hijacked, la contadora del vuelo, Rudi Swinkles, recordó que Una vez que los secuestradores entraron por la fuerza a la cabina, los pasajeros oyeron la voz de una mujer anunciar por el intercomunicador: «Les habla su nuevo capitán.

Este vuelo ha sido tomado por el Frente Popular para la Liberación de Palestina.

[5]​ El Vuelo 93 de Pan Am (Boeing 747–121, registro N752PA, bautizado Clipper Fortune), con 143 pasajeros y 12 tripulantes a bordo, despegó desde el Aeropuerto Internacional de Bruselas, Bélgica, con destino a Nueva York y una escala en Ámsterdam.

Unos 125 rehenes fueron trasladados a Amán, mientras que los estadounidenses, israelíes, suizos y germano occidentales, así como los judíos en general, fueron retenidos en los aviones.

[10]​ Cuando un tanque sirio cruzó la frontera, los aviones israelíes sobrevolaron el área a modo de advertencia.

El rehén David Raab caracterizó a las acciones militares: Unas dos semanas luego del inicio de la crisis, los rehenes restantes fueron recuperados en distintas partes de Amán e intercambiados por Leila Khaled y otros prisioneros del FPLP.

Años después, el FPLP rechazó oficialmente la táctica del secuestro de aviones.