Actuaba como un asistente del secretario de estado pues, además de coordinar las dos direcciones generales que poseía —de Coordinación Técnica Comunitaria y de Coordinación Jurídica e Institucional Comunitaria—, asumía todas aquellas que el superior le delegara.
La Secretaría General se fusionó con la Secretaría General de Política Exterior, dando lugar a la Secretaría General de Política Exterior y para la Unión Europea; además, la Subsecretaría del Departamento asumió alguna de sus funciones.
[7] Se mantuvo hasta la presidencia española del Consejo de la Unión Europea en 2010.
[8] En septiembre de 2021 se abrió una cuarta etapa para este órgano.
[9] De la Secretaría General dependen los siguientes órganos directivos:[1] Asimismo, cuenta con un Gabinete Técnico para tareas de apoyo y asistencia directa a la persona titular de la Secretaría General.