El nombre Sebecus es una latinización de Sebek (también llamado Sobek), el dios cocodrilo del antiguo Egipto.

[2]​ Sebecus, uno de los primeros sebecosuquios conocidos, fue descrito por el paleontólogo estadounidense George Gaylord Simpson en 1937.

El espécimen fue descubierto por la primera Expedición Scarritt del Museo Americano de Historia Natural a la Patagonia.

[3]​ Los dientes habían sido conocidos desde 1906 cuando el paleontólogo Argentino Florentino Ameghino los asoció con dinosaurios carnívoros.

[4]​ El material más completo, hallado por Simpson, estableció firmemente que el nuevo animal era un crocodilomorfo, aunque con una inusual dentición zifodonta, en la cual los dientes están lateralmente comprimidos y aserrados.

[2]​ Otro paleontólogo estadounidense, Edwin Harris Colbert, completó el trabajo de Simpson, describiendo el género exhaustivamente y colocándolo en una nueva familia, Sebecidae.

describió una segunda especie, S. huilensis, del yacimiento paleontológico de La Venta (Mioceno) en Colombia.

[11]​ El esqueleto postcraneal de S. icaeorhinus era virtualmente desconocido hasta que Pol et al.

Aunque los dientes varían en tamaño, son básicamente homodontos, manteniendo una forma similar a lo largo de la mandíbula.

En la punta de la mandíbula el primer diente dentario es procumbente, o sea dirigido hacia adelante.

Este cierre tan ajustado permitía que los bordes serrados de los dientes se afilaran entre sí.

En contraste, los crocodilianos modernos tienen dientes circulares y ampliamente espaciados que usan para consumir su comida en grandes piezas.

[15]​ Las trompas de Eustaquio, que conectan el oído medio con la faringe, son muy complejas en los crocodilianos.

La fenestra supratemporal en lo alto del cráneo es relativamente amplia, permitiendo el paso de grandes músculos.

Sebecus, con su cráneo más profundo, tenía un punto de origen del depresor más alto, pero el proceso retroarticular se curva hacia arriba de modo que la longitud del depresor es la misma que en los cocodrilos.

Como en los crocodilianos vivientes, el músculo depresor de Sebecus estaba relativamente poco desarrollado.

[12]​ Debido a que está representado por material fósil relativamente completo, Sebecus ha sido usado para definir grandes grupos de crocodiliformes como Sebecidae y Sebecosuchia.

[16]​ Sebecus y otros sebecosuquios son frecuentemente contrastados con los pequeños notosuquios del Cretácico.

[5]​ Varios análisis filogenéticos han resultado en un clado Sebecosuchia polifilético, con algunos miembros como Baurusuchus siendo más cercanos a los notosuquios y otros como Sebecus formando un clado de metasuquios más distantemente relacionados con Notosuchia.

[17]​ El siguiente cladograma simplificado se basa en un análisis de los notosuquios presentado por Pol et al.