Sus fósiles se han encontrado en el sitio fosilífero de Messel en Alemania, que data del Eoceno.

Bergisuchus fue clasificado originalmente como un sebecosuquio, supuestamente el primero hallado por fuera de Suramérica, y más tarde asignado a Trematochampsidae en 1988.

[2]​ En 2000, al género le fue dado su propia familia, Bergisuchidae, de la que es su único representante.

[3]​ El sitio de Messel es famoso por sus bien preservados fósiles, los cuales incluyen crocodilomorfos semiacuáticos como Asiatosuchus y Diplocynodon.

Pero a diferencia de los otros crocodiliformos presentes en Messel, Bergisuchus era un pequeño hipercarnívoro terrestre.