En 1936, cuando estalló la Guerra civil, se encontraba en Madrid y trabajaba como redactor de Mundo Obrero.

[1]​ Rápidamente se incorporó a la lucha, realizando funciones de instructor militar y comisario político.

No obstante, Zapirain pasó diez años encarcelado en penal de Palencia.

No pasó mucho tiempo en Francia, ya que fue detenido y expulsado del país, instalándose en Checoslovaquia.

Residió en este país durante dos décadas, realizando diversas funciones para el partido.