En 1570, San Carlos Borromeo decidió remediar las disputas que habían surgido entre el párroco y los frailes, transfiriendo los derechos parroquiales a la iglesia de Santa María, ahora dedicada a los Santos Pedro y Pablo, y dedicando la antigua iglesia a San Francisco.
El monasterio franciscano fue suprimido por los franceses a finales del siglo XVIII y la iglesia, el monasterio y los bienes de la orden fueron vendidos: la iglesia pasó por varias manos hasta que quedó a cargo del párroco preboste de Saronno a mediados del siglo XIX.
Gracias a Monseñor Angelo Ramazzotti, se fundó el PIME (Instituto Pontificio para las Misiones Extranjeras) en 1850.
La iglesia sufrió varias restauraciones e intervenciones durante el siglo XX.
La fachada, tal y como la vemos hoy, es el resultado de una renovación del siglo XVII.
La parte central, que data del siglo XVII, está definida por dos pilastras monumentales.
3 – Capilla de San Carlos – El fresco del Santo fue encargado por Mons.
7 – Atrio de la Sacristía 8 – Sacristía 9 – Campanario: recorriendo las escaleras que se extienden sobre la torre campanaria, se pueden todavía ver las antiguas estructuras que permitían el acceso a la iglesia desde el convento adyacente.
10 – Lápida que recuerda la fundación del PIME (Pontificio Instituto Misión Extranjera) por Mons.
Las obras colocadas en las paredes laterales, obras del Lanzani (1650-1712), representan "Moisés que implora el maná" y, a la izquierda del altar, "Moisés que hace brotar el agua".
En los cuatro medallones: la obediencia, la pobreza, la castidad y la penitencia, obras del Lanzani.
Lirano, franciscano del siglo XIV y frente a Santa Magdalena.
La mujer sentada representa la Historia III – La apoteosis de María Inmaculada, Juan Duns Escoto y los doctores franciscanos IV – San Antonio resucita a un muerto que proclama la inocencia de su padre, condenado a muerte V – San Francisco resucita a un niño caído en el agua caliente VI – San Antonio engancha el pie que un joven se había cortado, habiendo dado una patada a su padre
19 – Fuera del ábside de la iglesia, en la calle Carcano fue colocado un altar pagano encontrado en el siglo XX en el lado del edificio con una dedica que data de la época del bajo imperio romano que recita: “Quintus Cassius Mercator Deis Deabus” (el mercader Quinto Casio dedica a los dioses y a las diosas).
La conexión vial principal es la autopista A8 Milán–Como-Varese que tiene una salida justo en Saronno, en la periferia oeste.