Como el epíteto aenigma implica, sus relaciones de parentesco no han sido conclusivas por mucho tiempo.
[4] Se suelen ver en parejas o en bandadas de especies mixtas del sotobosque, especialmente hormigueros Myrmotherula.
[4] La especie S. aenigma fue descrita por primera vez por el ornitólogo alemán Ernst Hartert en 1903 bajo el mismo nombre científico; localidad tipo «Río Sapayo (= Zapallo Grande), Esmeraldas, Ecuador».
Otros lo ponen tentativamente en la familia Philepittidae (Kemp & Sherley 2003),[nota 1] que se encuentra por otra parte sólo en Madagascar y a su vez también en ocasiones es incluida en Eurylaimidae.
(2006)[11] propusieron formalmente incluir Sapayoa en Eurylaimidae, lo que fue aprobado por la Propuesta N° 336 al South American Classification Committee (SACC).
(2006), se propuso su separación en una familia propia Sapayoidae, lo que fue aprobado por el North American Classification Committee y seguido por el SACC, mediante la Propuesta N° 480.
[13] De acuerdo a la clasificación propuesta por Ohlson et al (2013), así se ubica la presente familia:[14] Eurylaimidae Philepittidae Pittidae Sapayoidae: Sapayoa aenigma Infraorden Tyrannides (Subóscinos del Nuevo Mundo)