La obra total estaba comprendida por tres fases en la cual se concretaría cada una de las partes principales del santuario.[4] Entre las edificaciones están el templo principal, el ágora exterior, una cafetería, área recreacional, una casa sacerdotal, y un aparcamiento de capacidad para 120 vehículos.A los donantes que aportaron entre cinco y veinte dólares, se les «vendió un ladrillo», lo cual consistía en que, en los exteriores del templo, estarían los nombres de los contribuyentes grabados en los adoquines ornamentales.Finalmente los trabajos de la tercera y última fase concluyeron en julio del 2013.Para la inauguración del santuario se celebró una misa que convocó a unos 5 mil fieles católicos.La misa fue oficiada por el monseñor Antonio Arregui, arzobispo de Guayaquil, el obispo auxiliar Iván Minda Chalá, y otros clérigos que ayudaron con la tarea para confesar y dar la comunión a los asistentes.[8] Varias autoridades políticas se opusieron a la designación del Santuario, por motivos de seguridad.[9] La propuesta fue denegada en primera instancia, lo cual causó incluso la renuncia del gobernador Rolando Panchana.
Vitral de la imagen del Señor de la Divina Misericordia en el santuario.
