El santuario fue establecido en el año 794 por el Emperador Kammu cuando la capital fue trasladada a Heian-kyo de Nagaoka-kyo.
Desde los primeros años, el santuario ha sido visitado con frecuencia por miembros de la familia imperial.
En siglos anteriores, el santuario también disfrutó de una relación especial con Genji y Heike.
El santuario se convirtió en el objeto de patrocinio imperial a principios del período Heian.
[1] En 965, el Emperador Murakami ordenó que mensajeros imperiales fueroan enviados a reportar los eventos importantes en al kami guardián de Japón.