El diseño estuvo a cargo del arquitecto de origen italiano Augusto Cesar Baratta del Vecchio[1][2] quien anteriormente ya tenía un repertorio de iglesias construidas en El Salvador.
Al construir el actual santuario, la capilla se modificó y se incluyó en el proyecto de una casa de religiosos para custodiar el actual santuario.
Este provocó la destrucción total del Seminario Menor Felipe Rinaldi haciendo que los residentes de este lugar se establecieran en Santa Tecla por la colisión de la infraestructura del seminario.
El Santuario y la casa franciscana sufrieron daños parciales en las estructuras superficiales, las cuales se repararon con facilidad.
A finales del 2016 se puso en marcha un proyecto para la remoción del templo en un 80% para conmemorar los 100 años de la primera aparición de la Virgen María en Fátima en Portugal, dicho proyecto liderado por Fr.
Algunas veces se le da el título erróneo de "parroquia".