El nombre "Santibáñez" tiene su origen en "Sancti Ihoannes" o "San Juan".

En el término municipal, concretamente en la dehesa y en el paraje de Cabeza Jerrero, se han hallado depósitos líticos y cerámicos de la época.

La invasión romana dio lugar a varios poblamientos en el término, como Arrocetuna, Cabeza del Moro, Los Lozanos, Pozo de la Piedra y Vegas de la Caneta.

En 1212 fue reconquistado por el Reino de León al mando del rey Alfonso IX.

El pueblo de Santibáñez el Bajo fue repoblado, en el siglo XIII, por asturleoneses.