Santiago Cruces participó y resultó ganador en las elecciones locales para gobernador del estado, que se realizaron en el año de 1875, tomando posesión del cargo el 1 de enero de 1876.
Sin embargo, pese a haber sido electo Gobernador Cosntitucional de Tabasco para el período 1876-1879, solo pudo gobernar cinco meses, debido a los alzamientos militares que desembocaron en una nueva guerra civil en el estado.
En el mes de marzo de 1876, se alzaron en armas los "porfiristas radicales" Ramón Ricoy en Cárdenas y Faustino Sastré en Teapa, quienes secundaron el Plan de Tuxtepec lanzado por el general en jefe del ejército regenerador Porfirio Díaz.
Ambos unieron sus fuerzas y sitiaron la capital del estado San Juan Bautista, desatando una guerra civil.
Las fuerzas del gobierno, no pudieron resistir, y los radicales tomaron la capital del estado, por lo que el gobernador Santiago Cruces dejó el cargo en manos del Vicegobernador Pedro Carrillo, quien tuvo que abandonar la capital del estado saliendo rumbo al puerto de Frontera para intentar gobernar desde allá.