Rápidamente destaca haciendo segundo en la etapa reina del Tour de Romandía y cuarto en la clasificación general.
Gracias a estas dotes escaladoras, se sitúa segundo en la general despertando la expectación del público español sobre el Giro de Italia.
Durante el transcurso de la octava etapa, sufre una aparatosa caída viéndose obligado a abandonar la prueba.
Durante la primera semana las famosas montoneras del Tour se ceban con el escalador asturiano y tras la décima etapa debe abandonar la carrera víctima de una tendinitis.
[3] Sin embargo, la gloria le llegaría meses después durante la disputa de la Vuelta a España, en la que vence tres etapas y tras un fuerte duelo en la montaña con Roberto Heras, finaliza segundo tras éste.
[9] Pérez no fue sancionado por la Justicia española al no ser el dopaje un delito en España en ese momento,[10] y tampoco recibió ninguna sanción deportiva al negarse el juez instructor del caso a facilitar a los organismos deportivos internacionales (AMA, UCI) las pruebas que demostrarían su implicación como cliente de la red de dopaje.
Aun así, finalizó entre los diez primeros en todas las pruebas en las que participó y volvió al podio en la última cita de la temporada G.P.
[17] En esta misma temporada, Santi participó por segunda vez en su carrera deportiva, en la prueba de su región: La Vuelta a Asturias.
Tanto su equipo Madeinox como él hicieron una gran carrera, donde finalizó quinto en la general, disputando la victoria parcial de las dos últimas etapas.