[1]​ Tras la firma del Tratado de San Ildefonso, España declaró la guerra a Gran Bretaña y Portugal en octubre de 1796.

Se esperaba que los barcos españoles se unieran a la tripulación del almirante francés Étienne Eustache Bruix cuando éste pasara por delante del puerto de El Ferrol, pero desgraciadamente para el almirante francés, que zarpó de Brest el 26 de abril de 1799, esta operación no prosperó.

[18]​ La nave fue, en principio, capturada por la flota británica, pero fue recobrada[19]​ junto con el Neptuno, que las fragatas remolcaron á Cádiz, y por sí mismas se alzaron, dirigiéndose al propio punto con bandolas las tripulaciones del Algeciras, Bucentaure y Aigle, con lo que, sin pasar cuarenta y ocho horas, perdieron los enemigos trece de los trofeos de guerra conseguidos en combate, conservando solo cuatro, los navíos Bahama, San Juan Nepomuceno, San Ildefonso y Swiftsure, tres españoles y uno francés, al haberlos fondeado al abrigo del Cabo Trafalgar, evitando en gran medida los efectos del temporal.

[20]​ El Santa Ana logró, desarbolado, entrar en Cádiz remolcado por la fragata francesa Thémis, el 24 de octubre.

Entre los fallecidos tuvo muerte gloriosa el guardiamarina de Carmona (Sevilla) Manuel de Briones y Guzmán.En 1808 apenas iniciada la Guerra de la Independencia Española, no pudo participar en el combate y captura de la escuadra francesa del almirante Rosily al hallarse en el Arsenal en reparaciones y carena.

En 1810 se trasladó a La Habana junto con el Príncipe de Asturias y el HMS Implacable desde Cádiz, para estar más seguro durante la guerra contra los franceses, en cuyo arsenal se iría a pique en 1816 por falta de carena, debido a los defectos estructurales e impactos sufridos en la propia Guerra de la Independencia.

[10]​ En 1834 todavía se le podía ver junto al Príncipe de Asturias, también ido a pique, hundidos en el fango frente al Arsenal de La Habana.