Su formación comienza en Mombeltrán, donde aprendió latín y cosmografía, continuó sus estudios en la Compañía de Jesús de Oropesa y después en Ávila.En torno al año 1560 se trasladó a Salamanca donde cursó Filosofía y Teología durante seis años.En 1580 marchó a México, donde fundó varios monasterios franciscanos; en 1583 se trasladó a las islas Filipinas y continuó sus fundaciones, entre ellas, el Convento de San Francisco del Monte y varios hospitales.[1] En 1587, el daimio Toyotomi Hideyoshi promulgó un edicto de expulsión de los clérigos cristianos en Japón[2],[3] a pesar de ello, Fray Pedro Bautista junto con otros compañeros acudió allí como embajador y agente comercial del rey Felipe II.Durante un tiempo sufrieron diversas torturas, les cortaron la oreja izquierda y fueron paseados en carro por las principales ciudades del imperio[4].