El piloto del barco sugirió incautamente a las autoridades japonesas que era un modus operandi español que los misioneros se infiltraran en un país antes de una eventual conquista militar, como se había hecho en América.En ese momento, los japoneses estaban deseando adquirir productos chinos como la seda y la porcelana, pero la dinastía Ming les había prohibido el comercio privado con China como castigo por las incursiones de los piratas wakō.Finalmente, los misioneros se sintieron lo suficientemente seguros como para continuar su proselitismo en Japón, aunque discretamente.Una vez que el San Felipe llegó a Urado, se hundió en un banco de arena.El capitán Landecho siguió el consejo y envió a dos de sus oficiales a Kioto con la orden de que se reunieran con los frailes franciscanos y evitaran tratar con los jesuitas.Al no poder pagarlo, se cargaron las mercancías del San Felipe en un centenar de barcos japoneses para enviarlas a Kioto.Mientras esto ocurría, Nagamori conoció a los españoles, que lo entretenían con música, juegos y un espectáculo de esgrima.Hideyoshi respondió rápidamente, ordenando que todos los misioneros en Japón fueran reunidos.[16] Al capitán Landecho, que fue a Osaka para reclamar la carga del San Felipe, le dijeron que Hideyoshi tenía todas las razones para tratarlo como un pirata y ser ejecutado, pero que se le perdonaría la vida y se le permitiría salir de Japón con la tripulación y los pasajeros del San Felipe, aunque los esclavos negros a bordo fueron reclutados para el servicio de Hideyoshi.[18] Los jesuitas negaron formalmente todas estas afirmaciones, y en su lugar culparon a los frailes franciscanos de la imprudencia en Japón que destruyó cualquier buena voluntad que Hideyoshi había mostrado anteriormente: la lengua ligera del piloto le dio a Hideyoshi la oportunidad de actuar y confirmar sus sospechas previas.[20][17] Junto con el martirio de los 26 cristianos, el incidente del San Felipe desencadenó una nueva ronda de persecución contra los cristianos, en la que 137 iglesias fueron demolidas y los misioneros jesuitas fueron obligados a abandonar Japón.
