Desde el período final del Imperio Romano y, sobre todo, a partir de las noticias relativas a las apariciones de San Miguel en el Monte Gargano (siglo V), Roma (siglo VI) y Avranches (siglo VII), el Occidente europeo contó con numerosos lugares de culto al arcángel.En el pasadizo que da acceso a la iglesia se encuentra una sobria portada formada por cuatro arcos de arista viva sobre imposta y pies derechos.Por aquí se pasa a un nártex o pórtico cerrado, cubierto con bóveda de cañón algo apuntado, de la misma anchura que el templo, con el que comunica por tres portadas, sencillas las laterales y más decorada la central.Está rematado por una cabecera de tres ábsides semicirculares, aunque el central desde fuera sea poligonal.Antes de llegar a la capilla mayor nos encontramos con un pequeño santuario con cubierta a dos aguas, del siglo XII, situado sobre la gruta en la que, según la leyenda, se apareció el arcángel San Miguel.Desde que hay constancia de la existencia de esta pieza, sólo ha salido del Santuario en tres ocasiones: en 1765 para ser limpiado en Pamplona (según reza la inscripción del mismo retablo), en 1979 por robo perpetrado por Erik "El belga", y en 2006 para ser exhibido temporalmente en una exposición en Pamplona.Al santuario de San Miguel subían los matrimonios que querían tener hijos.La efigie alada del Arcángel suele girar además una visita a varios pueblos de los alrededores.Citamos entre las más conocidas a Cortes de Navarra, Oñate, Yurreta y Marquina.Teodosio, fuera de sí, se lanza a galope hacia su casa.Teodosio, arrepentido, va de peregrino a Roma y el Papa le absuelve, poniéndole como penitencia el arrastrar unas gruesas cadenas hasta que por un milagro divino se le desprendieran.Teodosio, estando retirado en Aralar, un día vio salir de una sima un gran dragón que amenazaba devorarlo.En aquel mismo momento, Teodosio quedó libre de las cadenas, perdonado por Dios, que le dio una reliquia.Ya libre volvió a su casa de Goñi donde le esperaba su esposa.
