Su nombre es en honor a Marcos el Evangelista, santo de la iglesia católica.Su origen como anteriormente se menciona proviene de Hacienda San Marcos.En años posteriores se desató una epidemia que diezmó a los pobladores, hecho que los obligó a emigrar a distintos lugares de la república, solamente 39 personas que no deseaban abandonar su lugar de origen le hicieron frente a la situación, y con permiso de los dueños del terreno de “San Juan” o “San Marcos”, se radicaron a las orillas del río Gualciquire o Suntulín lugar que hoy conocemos como Barrio Las Flores.Fue en 1985 que San Marcos Ocotepeque recibe su categoría como municipio.Actualmente El Instituto Oficial San Marcos tiene un índice académico muy alto y lo ubica entre los cinco mejores de Honduras.En el gobierno de Zelaya se inauguró la Escuela Piloto Cándido Mejía, que ahora es una de las más grandes en Ocotepeque y también cuenta alto índice académico.En este mes también se realizan alboradas, coronaciones, fiestas y una diversidad de festividades.En el 2012 se celebraron los XXIII Juegos Florales en San Marcos Ocotepeque y estos fueron en conmemoración a una gran personalidad sanmarqueña, Don Francisco Alberto Rodezno en reconocimiento a su significativo aporte al fomento del arte, la cultura y las bellas letras nacionales.
Alumnos de Perito del ISMO.
Cerrando Feria Patronal De San Marcos Ocotepeque 2012.
Don Beto Rodezno, una gran personalidad sanmarqueña y galardonado a los Juegos Florales 2012