El San Diego fue un galeón español que formaba parte de los Galeones de Manila, que cubrían la ruta comercial entre Nueva España, el actual México, y Filipinas, y que se usaba para cambiar bienes chinos por plata mexicana, a través del puerto de Acapulco.

Fue asignado a la marina española el mismo año de 1600 y armado en Cavite, antes las tensiones con los Países Bajos.

[2]​ El 10 de diciembre de 1600 se produjo el hundimiento del galeón San Diego, como consecuencia del enfrentamiento con los navíos holandeses Eendracht, Hope y Mauritius, comandados por el almirante y corsario Olivier van Noort que planeaban la conquista de Manila;[3]​ el San Diego, que se encontraba fondeado en el puerto de Cavite, fue armado con catorce cañones de la defensa de Manila y enviado a repeler el ataque holandés junto con el patache San Bartolomé y dos galeras que tenían como tripulantes a soldados, nobles y mercenarios japoneses.

Después de abordar con éxito el barco insignia holandés, la urca Mauritius, se descubrió una vía de agua en el San Diego, y por orden del vicegobernador y almirante del galeón Antonio de Morga Sánchez Garay la nave retorna a puerto hundiéndose en el trayecto, pereciendo en el naufragio 300 marineros, pero salvándose Morga y otros cien marineros.

La defensa de la isla fue relativamente exitosa ya que los navíos holandeses rehusaron volver a intentar ataques a las colonias españolas en la zona.