La expresión del SKS afecta de manera crítica a nivel oftalmológico, especialmente en el ojo.
Las personas con SKS tienen una oftalmoplejia externa progresiva, es decir, debilidad o parálisis de los músculos oculares que disminuye los movimientos del ojo causando ptosis palpebral (caída del párpado superior).
Clínicamente los pacientes presentan debilidad muscular en ambas extremidades, cefaleas agudas y dificultades cognitivas (comúnmente demencia).
Además, las personas con SKS suelen presentar desórdenes endocrinologicos [diabetes mellitus, hipoparatiroidismo, hipotiroidismo y retardo puberal].
Esto explica por qué dos pacientes con una mutación idéntica en el ADN mitocondrial pueden presentar fenotipos completamente distintos, pudiendo derivar en diferentes síndromes.