[1]​ Rory nació en la ciudad de Nueva York, hijo de Patricia Brentrup y Cristopher 'Kit' Culkin,[2]​ como el más joven de siete hermanos; cuatro son hombres, Shane, Macaulay, Kieran y Christian, y sus dos hermanas son Dakota[3]​ y Quinn; también es sobrino de Bonnie Bedelia.

En 1993, su primera aparición fue en una fotografía de bebé en la película The Good Son; En la película Richie Rich aparece en la parte en que la que Richie es más pequeño (su hermano Macaulay Culkin interpretó el papel principal de Richie).

En 2002, en Igby Goes Down interpretó a un niño de 10 años (Igby fue interpretado por su hermano Kieran Culkin).

Culkin ha aparecido en numerosas películas siendo Señales una de las más famosas, en la que trabajó junto a Mel Gibson y Joaquin Phoenix.

A su vez, Culkin interpretó a Possum en la película Welcome to Willits, dirigida por Trevor Ryan, y luego filmó Columbus, dirigida por Kogonada.