Luego fue aceptado en el Disney's Talent Development Program, donde trabajó dos años bajo las directrices de Frank Thomas.

En 1981, en calidad de supervisor de animación realizó Tod y Toby, junto con el que más adelante sería su socio, John Musker.

Ambos se embarcaron en un ambicioso proyecto de animación titulado Taron y el caldero mágico (1985).

En 1986, Clements debutó como director junto a Musker y dos colaboradores más en la película The Great Mouse Detective, basada en un corto hecho por Clements para Disney.

En 2002 quiso incorporar nuevas tecnologías, poniéndolas en práctica en la película El planeta del tesoro, bien recibida por la crítica pero no tuvo éxito comercial.