Zapata comenzó su carrera en Colombia con América de Cali y Real Cartagena.
Para el 2011 llega al Galatasaray de Turquía con el que disputa la Champions League, participando en doce partidos del torneo continental.
Ya había marcado anteriormente cuando militaba con el América de Cali, y el Real Cartagena.
Zapata dejaría a Santa Fe siendo considerado por muchos como uno de los arqueros más importantes en la historia del club, teniendo su espacio en la tribuna lateral sur del Estadio El Campín.
En 2020 llega a Jaguares de Córdoba como uno de los grandes refuerzos, a pesar de su experiencia y recorrido no logró obtener un buen rendimiento con el equipo y al final del año no sería renovado y posteriormente se retiraría del fútbol.
También hizo parte del combinado que representó al país en la Copa América Centenario 2016.